Сюжетная линия во многом строится на демонстрации различий в отношениях персонажей к Генетическим мутациям. Она заставляет зрителя постоянно менять своё отношение и к мутантам, и к людям, как и к борьбе двух биологических видов. Сериал, прежде всего, посвящён сложным и трагическим взаимоотношениям Коты и Люси, страдающей от растройства множественной личности. Причём история их отношений не является законченной.
В сюжете значительную роль играет секретная организация, занимающаяся исследованием мутации, убивая почти всех младенцев-диклониусов. Остальных мутантов держат с рождения в клетках и подвергают различным экспериментам, желая понять, на что они способны и как с ними можно справиться. Их официальная цель — любыми способами предотвратить распространение вируса, который приводит к появлению новых мутантов.
Однако внутри этой организации высокие посты занимают диклониусы из семейства Какудзавы, утратившие векторы, и в действительности желающие исчезновения людей и того, чтобы стать единовластными правителями новой расы. Для осуществления этого плана им требуется Люси из-за её детородной способности, так как она не является силпелитом. Родом Какудзава была создана на глубине 2000 метров колыбель новой расы диклониусов — Лебернсборн. По манге некоторые сотрудники этой организации безнаказанно постоянно насиловали и калечили подопытных силпелитов ради садисткого развлечения, парализуя их двухкилограммовыми шипами с нейротоксинами, причиняющими нестерпимую боль и людям, и диклониусам.
Главный герой Кота (человек) помогает некоторым встреченным им диклониусам скрываться от этой организации. Но он не знает, кто такие диклониусы, на что способны и какую роль они сыграли в его судьбе. Главная героиня (диклониус) Люси, в начале изображена как хладнокровная убийца, убивающая почти всех без разбора, но в дальнейшем выясняется, что у неё есть свои причины ненавидеть людей.

В основном сюжет завязан на отношениях людей и очень похожих на них мутантов — диклониусов»[/url] (diclonius). Мутация проявляется в виде развития в мозгу некоего «шишковидного тела» и внешне диклониусы отличаются от людей только «рожками», дающих им возможность использовать на ограниченной дистанции телекинез, представленный в виде «невидимых рук», называемых в лаборатории «векторами», с определенной силой. Диклониусы могут менять траекторию пуль и других движущихся предметов в зависимости от их кинетической энергии, что было выяснено после серии экспериментов над силпелитами, или например, перемещать предметы с большой скоростью. Но чаще всего диклониусы применяют свои способности для убийства людей с помощью своих векторов. С возрастом максимальная длина векторов и их сила увеличивается, и они способны при желании диклониуса проходить сквозь материю. Диклониусы способны обнаружить месторасположение других диклониусов, за некоторым исключением, связанным с их физическим состоянием. В манге сотрудники лаборатории создавали радары для поиска сбежавших диклониусов буквально из подопытных силпелитов.
В манге упоминается, что при повреждении рожек у таких диклониусов пропадают векторы и то, что Люси называет «зовом ДНК», голос в их голове, заставляющий уничтожать всех людей и заселить всю Землю диклониусами. В сериале же потеря рожек является скорее тяжёлой травмой, не влияющей на способность использовать векторы. Почти все диклониусы проявляют симптомы расстройства множественной личности, причём в манге они более явные и распространённые, как например Марико и Ню.
По данным манги вероятность рождения мутанта-диклониуса у обычных людей менее 0,0001 %. Если у них рождались девочки, то они были бы способны к продолжению рода, причём их дети тоже будут диклониусами. При прохождении вектора через гипоталамус обычного мужчины, человек теряет сознание и сразу становится носителем вируса. Все диклониусы, зачатые носителями вируса и рождённые от простых женщин, называются сотрудниками лаборатории «силпелитами». Все дети таких родителей обязательно будут женского рода и являются мутантами-силпелитами. Силпелиты не способны к продолжению рода, но зато им требуется в несколько раз меньше лет для взросления. Сын Кукудзавы занимался разработкой способов распостранения вируса, чьи исследования продолжила после его смерти Аракава.
В аниме-сериале у всех диклониусов и силпелитов были нарисованы волосы розового цвета, как ещё одно отличие от людей. Но в манге волосы такого цвета лишь у Люси, тогда как Марико - блондинка, а цвет волос Наны - радикальный фиолетовый.

Следует различать сюжеты манги и сериала, так как они отличаются не только в деталях сцен, но и контекстом происходящего. Сюжет сериала упрощен и урезан по сравнению с сюжетом манги, в сериале отсутствуют важные фрагменты или они были модифицированы. Сериал был снят по первым шести томам манги, сюжетные линии манги в конце сериала резко обрываются и имеют собственный финал. Начиная с восьмого тома, в манге начинаются совершенно новые сюжетные линии и появляются новые персонажи, поэтому дальнейшее сравнение манги и сериала бессмысленно.
Сюжет первых двух серий аниме-сериала соотносится с событиями первого тома манги, однако несколько отличается от оригинала, в котором мысли, воспоминания и эмоции главных героев показаны более подробно, чем в сериале, что позволяет читателю лучше понять происходящее.
Кроме сюжета есть различия и в образах главных героев. В сериале присутствуют более продолжительные сцены немотивированной жесткости диклониусов и количество убитых людей намного больше, чем в манге. Там же «сгущены краски» в изображении противостояния диклониусов друг с другом, а также с вооружёнными людьми. В манге вместо этого всё чаще появляются сцены фансервиса и интимных отношений главных героев.«Векторы» диклониусов представляют собой невидимые руки

Особенно заметна разница в следующей сцене: убежавшую Ню на пляже находят и Кота, и Юка, причем Бандо избивает их обоих. В первом томе манги сказано про то, что Ню идёт в те места, которые знает, для того, чтобы избежать опасности. Бандо точно рассчитывает, что Люси будет на пляже. После ряда совпадающих событий в манге и в сериале, по манге Люси желала убить искалеченного Бандо и уже была готова сделать это, однако в самый последний момент превратилась в Ню. Превращение в Ню часто идёт после воспоминаний Люси об обезглавленной сестре Кота. В манге отмечается, что Люси одного возраста с убитой сестрой Коты. Предположительно, Ню — это бессознательно[/url] обезвреживающая саму себя Люси, а ранение сыграло лишь роль катализатора. Юка в больнице ничего не сказала полицейским про Ню/Люси, с детства ревнуя Коту и мечтая о нём. Позже Ню вернулась к Коте, но лишь для того, чтобы извиниться перед ним и отдать Коте ракушки, после чего он сам оставляет Ню у себя.
В сериале зрителю также дают понять, что примерно через 5 лет, если ничего не сделать, почти каждый обычный человек на том острове будет заражён вирусом диклониусов и их дети уже будут диклониусами, не способными к продолжению своего рода. В манге Какудзава подготавливает всеобщее заражение вирусом всех людей через один год, которое успешно осуществляет