Для большинства техник в ниндзюцу требуется использование внутренней энергии - чакры. Есть два источника чакры: первый - внутренняя энергия миллиардов клеток тела, второй - ментальная и физическая энергия, накапливаемая в результате ментальных и физических тренировок. Также увеличивается благодаря преодолению сложных жизненных ситуаций. Для того чтобы применить технику, ниндзя должен уметь контролировать и высвобождать эти два вида энергии. Количество чакры, которое поглощает техника зависит от ее сложности и мастерства самого ниндзя. Чем опытнее ниндзя, тем меньшее количество энергии он тратит на одно и то же дзюцу. В тайцзюцу (рукопашном бою) нет необходимости использовать чакру - так как большая часть атак основывается на физических возможностях тела шиноби. В ниндзюцу затраты энергии зависят от способности исполнителя к контролю над своей чакрой. У ниндзя с совершенным контролем вся энергия будет использоваться по прямому назначению. Новички же тратят неоправданно много чакры даже на простые дзюцу.
Потоки чакры в теле определяются системой ее циркуляции. Существует множество тончайших каналов, соединяющих жизненно важные точки. С их помощью ниндзя может перераспределять чакру внутри тела. Если каким-то образом каналы оказываются разорванными, даже опытному медику оказывается очень сложно их восстановить. Система циркуляции чакры охватывает все внутренние органы и включает в себя 361 tenketsu (своеобразные узлы, связывающие между собой каналы протекания энергии). Манипулируя tenketsu ниндзя может принудительно усиливать или ослаблять поток чакры. Лишь шиноби, владеющий техникой Бьякогана может увидеть систему циркуляции энергии другого человека. Шаринган позволяет обладателю увидеть лишь основные потоки чакры, но никак не всю систему. Комбинация из Бьякогана и специального тайцзюцу клана Хьюго позволяет его представителям атаковать tenketsu противника. После таких атак поток чакры через tenketsu блокируется и ниндзя теряет возможность использовать техники. Кроме того, атаки клана Хьюго повреждают не только tenketsu, но и внутренние органы. Поскольку ниндзя не имеет возможности тренировать внутренние органы наравне с мускулами, подобные атаки крайне опасны.

Использование чакры

Фокусируя определенное количество чакры в ногах, ниндзя могут прикреплять свое тело к любой поверхности - например, к дереву или стене. Также эта способность позволяет им перемещаться по любой местности - например, гулять по вертикальной стене как по земле. Навык хотьбы по воде сложнее в изучении - так как требует лучшего контроля над собственной чакрой. Кроме того, фокусируя энергию в мускулах, ниндзя может временно увеличить их силу и выносливость.
Кроме того, чакра активно используется в бою. К примеру, Канкуро создает тончайшие энергетически нити, чтобы управлять своими марионетками, а Кабуто с ее помощью создает невидимые скальпели, разрезающие внутренние органы противника. Кроме того, с помощью чакры создаются защитные барьеры.
Любое гендзюцу основывается на внедрении своей чакры в разум и органы чувств противника. После этого ниндзя получает практически неограниченные возможности по контролю над попавшим в технику человеком. Есть всего две возможности нейтрализовать гендзюцу. В первом случае - ниндзя должен полностью остановить ток чакры в своем теле. Во втором - попавшему в гендзюцу остается лишь рассчитывать на помощь товарищей, разрушающих иллюзии своей энергией.

Восемь врат

Помимо tenketsu, система циркуляции чакры включает в себя восемь центров, отвечающих за регуляцию потоков энергии. Hachimon или Восемь Врат располагаются вдоль позвоночника, рядом с сердцем и в голове ниндзя. Некоторые шиноби учатся контролировать Врата и получают возможность принудительно открывать их в случае необходимости. Чем большее количество Врат открыто, тем большую мощь получает ниндзя. К сожалению цена использования этой техники велика. Открытие каждых последующих Врат увеличивает нагрузку на тело шиноби и приближает его к смерти. Поэтому эта техника была отнесена к разряду Запретных. Открыв все Восемь Врат, ниндзя получает невероятные силы и способен победить любого противника. Однако ценой этого оказывается его жизнь. К тому же, открывший лишь несколько Врат, ниндзя практически гарантированно терпит поражение сам, если не успевает уничтожить врага за то время, пока техника действует. Телу требуется некоторое время на восстановление после применения техники - тем большее, чем больше Врат было открыто.

[1] Kaimon (Врата доступа)

Снимает ограничения, накладываемые разумом, позволяет использовать физические возможности тела в полной мере. Открытие первых Врат является необходимым для использования техники Omote Renge.

[2] Kyuumon (Врата покоя)

Увеличивает выносливость ниндзя, а также скорость восстановления энергии.

[3] Seimon (Врата жизни)

Тело входит в стадию Ura Renge, кожа становится пурпурно-красной.

[4] Shoumon (Врата боли)

Сила и скорость ниндзя значительно возрастают. Тело работает на пределе своих возможностей - высокие нагрузки начинают разрывать мышцы.

[5] Tomon (Врата предела)

Дальшейшее увеличение физических возможностей. Движения перестают улавливаться глазом.

[6] Keimon (Врата зрения)

Ниндзя, открывший Шестые врата получает возможность использовать Asakujaku

[7] Kyoumon (Врата чуда)

Дальшейшее увеличение силы ударов и скорости перемещения

[8] Shimon (Врата Смерти)

Врата, расположенные возле самого сердца. Ниндзя получает силы, превоходящие возможности Хокаге. Ценой своей жизни.

Разновидности чакры

Желтая / Синяя обычная чакра:

Обычная чакра в аниме всегда изображается светло-голубой, в то время как по описанию в манга она желтого цвета.

Оранжевая чакра Девятихвостого:

В те моменты, когда Наруто использует энергию Демона-Лиса, вокруг него появляется красно-оранжевый кокон, который Дзирайя описывает как “плащ”

Зеленая - чакра медиков-ниндзя:

Техника Shousen no Jutsu используется медиками для исцеления ран союзников. Визуально процесс выглядит как зеленого цвета облако окутывающее ладони медика. 

Розово-пурпурная чакра деревни Скрытой Звезды:

Чакра шиноби из деревни Скрытой Звезды, прошедших специальную тренировку всегда пурпурного цвета. По сути, это их собственная чакра, пропущенная во время медитаций через специальный метеорит, считающийся ценнейшим артефактом.

Пурпурная чакра Проклятой печати:

В аниме чакра повляющаяся при активации Проклятой печати Орочимару имеет пурпурный цвет.

Белая чакра Хатаке:

В манге вокруг Какаши и его отца Сакумо иногда появлялась чакра белого цвета

Модификаторы чакры

Hyourougan (пищевые пилюли):

Пищевые пилюли – это специальный медикамент, в состав которого входят протеины и стимуляторы, которые дают нинзя возможность сражаться на пределе своих возможностей в течении трех дней и ночей. Пилюли временно увеличивают запас чакры нинзя.

Пищевые пилюли клана Акимичи:

Клан Акимичи разработал 3 специальные пилюли для увеличения чакры. После принятие каждой пилюли чакра члена клана увеличивается. Третья, последняя пилюля сжигает все калории в теле, превращая их в чакру, что дает увеличение силы в сто раз.

Высасыватели чакры:

Различные техники, а также некоторые животные, найдя в теле человека чакру, поглощают ее. Кикачу клана Абураме в обмен на чакру проживают в теле своего носителя. Эти жуки также могут поглощать чакру нинзя, уменьшая его возможности. «Доки» Таюи также поглощали чакру своих врагов. Существуют и техники, позволяющие высасывать чакру. Такими техниками пользовались Акадо Йоро и Джиробо. Меч члена Акацуки Хошигаки Кисаме имеет свойство вытягивать и поглощать чакру соперника.

Создание Джинчуурики:

Джинчуурики (буквально – сила человеческой жертвы) – это люди, в телах которых заключены хвостатые демоны. Эти существа обладают огромной силой, и все страны нинзя хотели сделать из них оружие для своих целей. Цель создания Джинчуурики заключается в том, чтобы человек и хвостатый демон, запечатанный в нем взаимодействовали друг с другом, тем самым давая носителю огромные силы и запас чакры. Каждый демон по-разному взаимодействует со своим хозяином, и сила этих демонов проявляется по-разному.

Проклятая печать Орочимару:

Используя проклятую печать как форму контроля, нинзя звука Орочимару помещает ее на тело выбранного человека, что дает тому большие силы. Шанс выжить после размещения проклятой печати составляет 1к 10. После высвобождения печать начинает выделять чакру, и впоследствии носителю все сложнее ее контролировать. При долгом использовании печати воля носителя подавляется и он становится рабом Орочимару.

Вода деревни Скрытого Водопада:

Специальная вода деревни Скрытого Водопада увеличивает чакру нинзя на короткий промежуток времени в десять раз. Пьющий воду нинзя увеличивает свои боевые возможности, тем самым компенсируя отсутствие в деревне сильного лидера. Однако в обмен на силу эта вода поглощает вашу жизнь.

Устройство для контроля чакры деревни Скрытого Снега:

Деревня Скрытого Снега разрабатывала устройства, позволяющие увеличивать количество чакры, а также позволяющие лучше ее контролировать. Это устройство может высосать чакру захваченного врага, лишая его возможности использовать техники. Элитные нинзя Снега, а также их лидер Доту носили броню, которая увеличивала запасы чакры.

Метеор деревни Скрытой Звезды:

Около 200 лет назад в Bear Country упал метеор. При медитации округ камня нинзя деревни приобретают специальную пурпурную чакру. По сути, это их собственная чакра, пропущенная во время медитаций через этот метеор. Эта чакра сначала принимает форму перьев, растущих из спины нинзя, а затем сам нинзя может по собственному желанию использовать эт чакру для использования техник. Поскольку эта чакра опасна для жизни, лишь немногие нинзя смогли научиться использовать ее, а многие кто пытался это сделать вскоре умирали. Впоследствии изучение этой техники было запрещено.